4、业因果报、往生觉岸
复次、曼殊室利，若诸有情，悭贪嫉妒，自赞毁他，当堕三恶趣中，无量千岁、受诸剧苦。受剧苦已，从彼命终，来生人间，作牛马驼驴，恒被鞭挞、饥渴逼恼，又常负重、随路而行。或得为人，生居下贱，作人奴婢，受他驱役，恒不自在。若昔人中、曾闻世尊药师琉璃光如来名号，由此善因，今复忆念，至心归依，以佛神力，众苦解脱，诸根聪利，智慧多闻，恒求胜法，常遇善友，永断魔 ，破无明壳，竭烦恼河，解脱一切生老病死、忧愁苦恼。
复次曼殊室利，若诸有情，好喜乖离，更相斗讼，恼乱自他，以身语意、造作增 长种种恶业，展转常为不饶益事，互相谋害。告召山林树土冢等神，杀诸众生，取其血肉，祭祀药叉罗刹婆等。尽怨人名，作其形像，以恶咒术、而咒诅之，厌魅蛊道。咒起死鬼，令断彼命、及坏其身。是诸有情，若得闻此药师琉璃光如来名号，彼诸恶事、悉不能害。一切展转皆起慈心，利益安乐，无损恼意、及嫌恨心，各各欢悦，於自所受、生於喜足，不相侵陵，互为饶益。
复次、曼殊室利，若有四众、比丘、比丘尼、邬波索迦，邬波斯迦及馀净信善男子、善女人等，有能受持八分斋戒，或经一年，或复三月，受持学处，以此善根，愿生西方极乐世界无量寿佛所，听闻正法，而未定者。若闻世尊药师琉璃光如来名号，临命终时，有八大菩萨，其名曰文殊师利菩萨、观世音菩萨、得大势菩萨、无尽意菩萨、宝檀华菩萨、药王菩萨、药上菩萨、弥勒菩萨、是八大菩萨，乘空而来，示其道路，即於彼界种种杂色众宝华中、自然化生。或有因此生於天上。虽生天上，而本善根亦未穷尽，不复更生诸馀恶趣。天上寿尽，还生人间，或为轮王，统摄四洲，威德自在，安立无量百千有情於十善道。或生刹帝利、婆罗门、居士、大家，多饶财宝，仓库盈溢。形相端正，眷属具足，聪明智慧，勇健威猛、如大力士，若是女人、得闻世尊药师琉璃光如来名号，至心受持，於后不复更受女身。
悭贪嫉妒：“悭”，即惜己物是悭，恋求他物是“贪”，《成实论》说“悭有五种：财悭、法悭、家悭、处悭、赞悭。”害贤为“嫉”，忌善为“妒”。这些都是恶业，都有各自的恶报。其中悭贪是身恶业，嫉妒是意恶业，自赞毁他是口恶业。
不自在：即不能进退无碍、自由自在。
至心皈依：皈是皈投，依是依靠。意为以至诚恳切之心，把身心性命皈依佛陀。
魔：魔是魔王，贪欲为业。以八万四千尘劳，纲罗众生，叫做魔 ，意为罗网。
无明壳殳：壳即是卵壳殳。无明壳殳，是一种比喻，如小鸡在未孵出之时，闭在蛋壳内，是黑暗、闭塞而不自由的。无明即是愚痴，是生死烦恼的根本。众生在无明烦恼的蒙蔽中，愚痴暗昧，不得解脱自在，也如小鸡在蛋壳里一样，所以叫做无明壳殳。
烦恼河：人的妄心不断流注，欲念一个接着一个，如同滔滔河流里的波浪，此起彼落，此落彼起，没有休止，使得人在生老病死中受尽烦恼苦楚，这就叫做烦恼河。
乖离：乖，即乖僻，远背常理;离，即离间。乖离是指与人格不入，欢喜找别人岔子的人。属于真恶意业。
斗讼：斗是殴门，争吵打架，属身业;讼是指打官司，《易经》说：“讼则凶”。属嗔恶的口业。
告召：祷告、召请的意思。与下面所讲的祭祀、咒咀、厌祷、虫事、起尸等为同一含义，是相对上文的乖离斗讼而说的，都是用秘密方法，邪魔外道伤害他人的恶果。
[10]厌魅蛊道：“厌魅”，指以咒语咒死，使其杀害怨敌。“蛊道”，蛊为一种由人工培养的毒虫，能害人致死。用毒虫偷偷放入仇人的衣服或食物中以毒害人，即名蛊道。
[11]八分斋戒：亦称八关斋戒、八斋戒、简称八戒。指佛教为在家的男女教徒制定的八条戒条。即不杀、不盗、不邪淫、不妄语、不饮酒、不眠坐高广大床、不装饰打扮、不视听歌舞、不非时食(即过午不食，只吃早中二餐)o前七项是戒，后一项是斋，合称为八分斋戒。此戒有的常年受持，有的在一年中的正月、五月、九月三个月内受持。
[12]八大菩萨：指位居等觉、已近佛位的大菩萨。其名称下面经文中已有。
[13]宝华：指佛界的莲花。该莲花有色有香，光明净妙，又能结果，故称宝华。
[14]天上：泛指欲界之六欲天和色界、无色界诸天。六欲天为四天王天、忉利天、夜魔天、兜率天、乐变化天、他化自在天;色界有十八天，无色界有四天。从佛法来说，生于天上还不是根本解脱。因为天神也有寿命终时，还有可能坠落人间。只有往生西方净土和东方琉璃世界才是最终目标，才能根本解脱生死。
[15]轮王：指世间的转轮圣王，为第一有福之人。于人寿八万四千岁时出现，统辖四天下。转轮王出现时，天下太平，人民安乐，没有天灾和人祸。
[16]四洲：即南瞻部洲、东胜神洲、西牛货洲、北俱虞洲。
[17]十善道：亦称十善业。即不杀生、不偷盗、不邪淫(三身业)、不妄言、不两舌、不绮语、不恶口(四口业)、不贪欲、不嗔恚、不邪见(三意业)。
[18]刹帝利、婆罗门：古印度社会四种种姓阶级中的二种。婆罗门被称为“人间之神”，是古印度一切知识垄断者：刹帝利为印度掌握军政的国王和武士。
5、演说真言、诸佛护念。
复次、曼殊室利：彼药师琉璃光如来得菩提时，由本愿力，观诸有情、遇众病苦，瘦挛、乾消、黄热等病，或被厌魅蛊毒所中，或复短命，或时横死，欲令是等病苦消除，所求愿满。时彼世尊入三摩地，名曰除灭一切众生苦恼。既入定已，於肉髻中、出大光明，光中演说大陀罗尼曰。
南无薄伽伐帝、革卑杀社窭噜、薜琉璃钵喇婆、喝口罗也，怛他揭多耶、阿口罗诃帝、三藐三勃陀耶女至怛他、革卑杀逝、革卑杀逝、革卑杀社、三没揭帝莎诃。
尔时光中说此咒已，大地震动，放大光明，一切众生、病苦皆除，受安隐乐。曼殊室利，若见男子女人、有病苦者，应当一心为彼病人、常清净澡漱，或食或药或无虫水，咒一百八遍，与彼服食，所有病苦，悉皆消灭。若有所求，至心念诵，皆得如是、无病延年。命终之后，生彼世界得不退转、乃至菩提。是故曼殊室利，若有男子女人，於彼药师琉璃光如来、至心殷重、恭敬供养者，常持此咒勿令废忘。
复次、曼殊室利：若有净信男子女人，得闻药师琉璃光如来、应、正等觉、所有名号，闻已诵持。晨嚼齿木，澡漱清净，以诸香华、烧香涂香，作众伎乐，供养形像。於此经典，若自书，若教人书，一心受持，听闻其义，於彼法师，应修供养，一切所有资身之具，悉皆施与，勿令乏少。如是便蒙诸佛护念，所求愿满乃至菩提。
瘦挛乾消黄热等病：“瘦挛”，指足拘缩弯曲;“乾消”即是消渴，现代医学称为糖尿病;“黄热”指黄疸型肿胀症和热性传染病，这些都是病苦。
魇魅虫毒：与前面所讲的“鬼虫道”含义相同。
横死：指寿命未尽，无病不该死亡，但突然遭遇横祸而死。
三摩地：也称三昧，意译为正定。又译“等持”，即持心平等，不昏沉，不掉举，专心保持平衡，安定、而专 注于一境。佛经中说，佛将说法、说咒或现神通时，每每先入定。其实佛无时不在定境之中，无论起居、衣食、行走、说法度生，佛的心境都已安住在定中。一切功德智慧，确都由定中流出。现在药师如来所入的三摩地，名称叫做“除灭一切众生苦恼定”。
於肉髻中是出大光明：头顶上的肉髻，为佛的三十二相之一，名无见顶相、放大光明。
大陀罗尼：译为总持。梵文陀罗尼即是咒，又名“真言”。总持即是总摄一切法，持无量义。
南无：是皈依、皈命的意思，“南无”是梵文音译，一般念作“那摩”，表示对佛、法、僧三宝的尊敬和虔信。
薄伽伐帝：为薄伽梵的异译，即世尊。
革卑杀社窭噜：“革卑杀社”的意思是药;“窭噜”的意思是师，合译为药师。
[10]薜琉璃：即是琉璃。
[11]钵喇婆：即指光。
[12]喝口罗也：意是王。
[13]怛他揭多耶：意是如来。
[14]阿口罗喝帝：意是应(供)。
[15]三藐三勃陀耶：意是等正觉。此句与上几句连起的意思是：“皈命药师琉璃光如来、应、正等觉”。
[16]怛侄他：是“即说咒曰”的意思。
[17]：应读作“嗡”音。意义很多，一皈依义，即是集中身心皈向三宝;是警觉义，提起注意的意思，即把精神集中起来，注意一个地方。
[18]革卑杀逝：意思是药。
[19]革卑杀社：含意与革卑杀逝同，意谓陈弃的药。
[20]三没揭谛：意为普度，即普遍救度世界一切众生之意。
[21]莎诃：也作娑婆诃。意思是速得成就。
[22]无虫水：即无虫的洁净之水。
[23]咒一百八遍：烦恼有一百零八种，所以特地用一百零八遍的咒力破除一百零八种烦恼。
[24]得不退转：不退转，指所修之功德善根愈增愈进，不更退失转变。
[25]齿木：古代印度人习惯于清晨起身，就嚼一种大约手指粗的树枝木条，叫做“齿木”，木中有苦汁，可除口臭。这里是讲恭敬供食药师琉璃佛，必须清净身和口。
[26]供养形像：指以香花、灯明、饮食、资财等物供奉三宝，香花表示万行，烧香表示智观，涂香表示戒品，伎表示四摄(布施、爱语、利行、同事)。
[27]法师：指通晓佛法，又能引导众生信受奉行佛法的人。
6、恭敬佛陀、流传经宝。
尔时曼殊室利童子白佛言：世尊!我当誓於像法转时，以种种方便，令诸净信善男子、善女人等，得闻世尊药师琉璃光如来名号，乃至睡中、亦以佛名觉悟其耳。世尊：若於此经受持读诵，或复为他演说开示，若自书，若教人书，恭敬尊重，以种种华香、涂香、末香、烧香，华曼璎珞，幡盖伎乐，而为供养，以五色采、作囊盛之，扫洒净处，敷设高座、而用安处。
亦以佛名觉悟其耳：意即修行人在睡梦中亦能闻佛名号而得到觉悟。
受持读诵：即领受、忆持、阅读、背诵。分别来讲，即信力领纳叫受;念力坚持叫持;对着经文看着念叫读;不看经文，凭记忆而背出来叫诵。
开示：“开”为开发之意，即破除众生之无明，开如来藏，见实相之理。“示”为显示之意，谓惑障既除，则知见体显，法界万德显示分明，意即佛菩萨以佛教道理晓喻修行者。
末香：犹如现在所烧的檀香粉，古印度则是将檀香粉直洒在佛菩萨身上。
烧香：犹如现在线香，一枝一枝的。或盘香，一盘圈成好几圈。
璎珞：系用各种珠宝贯串起来的装饰品。
幡盖：指幢幡和宝盖。悬挂在佛菩萨像前长竿，竿柱高秀，头安宝珠，以种种彩帛装饰之，种为幢;长帛下坠者，称为幡;以宝玉装饰起来悬挂于菩萨所坐的高座上的伞盖，称为宝盖，幢幡则表示禅定。
伎乐：指用琵琶、铜钹、琴、瑟、箜篌等乐器所演奏的音乐，又歌颂赞唱佛德的佛赞，也称伎乐。
五色采作囊盛之：即用五种不同色织成采缎作成经囊，作盛放《药师经》和《药师神咒》之用。是为恭敬尊重之意。
[10]敷设高座：即设置高座，用以安放经典。
